La maladie se manifeste habituellement entre 2 et 8 jours après les piqûres des moucherons Culicoïdes. Cette durée est toutefois variable et peut atteindre jusqu'à 20 jours. Elle varie suivant l'espèce animale et suivant les individus.
En cas de suspicion de FCO, l'appel au vétérinaire sanitaire est obligatoire. Sa visite et les analyses nécessaires sont directement prises en charge par l'Etat. Il réalise les prélèvements destinés à confirmer ou infirmer le cas. Le vétérinaire peut également penser à la FCO à l'occasion d'une visite pour un ou plusieurs animaux malades.
Au début le nombre d'animaux atteints est relativement faible. Tous les signes ne sont pas forcément tous présents. Ces signes d'alerte doivent conduire à l'appel immédiat du vétérinaire sanitaire.
Le nombre de bovins malades va d'aucun (forme inapparente, détectée uniquement par des analyses) à 80% du troupeau.
 
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Fièvre, parfois de courte durée et pouvant passer inaperçue. Perte d'appétit avec parfois perte de poids, abattement, fatigue, chute de la production de lait. |
Au bout d'un jour ou deux, d'autres signes apparaissent :
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Tête : Salivation (filet de bave) |
 
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Croûtes et ulcères dans et autour des naseaux et dans la bouche |
| Conjonctivite et larmoiement, écoulement nasal. |    |
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Mamelle : Rougeur intense des trayons suivie parfois d'ulcération. Les vaches peuvent refuser de se laisser traire ou téter. |
| Membres : Enflure du bas des membres. Congestion du bourrelet au dessus des sabots et ulcères (pouvant aller jusqu'à la chute de l'onglon). Boiteries. Locomotion délicate par atteinte musculaire. |   |
| Autres : Avortements, fort amaigrissement (fonte musculaire), complications de photosensibilisation (chute de la peau des zones à pelage blanc sur le dos et à la base de la queue), de pneumonie ou de diarrhée. |
Attention ! D'autres maladies donnent des signes très proches de ceux de la Fièvre catarrhale. Par exemple : la Fièvre aphteuse. Il faut faire appel au vétérinaire pour qu'il précise le diagnostic (c'est obligatoire, selon la loi) et fasse faire les analyses nécessaire.
Autres maladies des bovins qu'on peut confondre avec la fièvre catarrhale : Fièvre aphteuse, maladie des muqueuses (BVD), stomatite papuleuse, IBR, maladie hémorragique des cervidés, peste bovine, coryza gangréneux, panaris, thélite ulcérative.
